El cedro amargo tiene un tronco que puede alcanzar los 40 m de altura.³​ El tronco es recto, naciendo sus ramas,van más arriba de la mitad de su altura y con diámetros en los árboles adultos de 1 a 2 m. A veces, en su parte baja presenta contrafuertes o aletones que ayudan a afianzar el árbol, ya que tiene un sistema radical bastante superficial.⁴​

La corteza, que puede llegar a espesores de 2 cm, es de color gris-claro en los árboles jóvenes y apenas dividida en placas por leves hendiduras, mientras que los árboles adultos tienen la corteza profundamente fisurada. La corteza interna es rosada, fibrosa y de sabor amargo.

La copa presenta formas globosas o redondeadas con follaje denso, de color verde-claro, el cual se desprende en la época de sequía (diciembre a mayo) dejando al descubierto sus ramas ascendentes, gruesas, con abundantes puntos (lenticelas) redondeados y protuberantes.

Las hojas son compuestas, alternas, de 30 a 70 cm de largo, con 5 a 11 pares de foliolos (generalmente 6 o 7 pares). Los foliolos son generalmente lanceolados u oblongos, de 8 a 17 cm de largo por 2,5 a 5,5 cm de ancho, acuminados, obtusos y a veces mucronados en el ápice, agudos hasta redondeados y muy asimétricos en la base, enteros en los márgenes, verde-oscuro en la cara superior y verde salido y amarillentos en la casa inferior, glabros. Al estrujarlos desprenden un fuerte olor aliáceo. Los peciolos son de 1 a 1,5 cm de largo.

Forma. Arbol caducifolio, de 20 a 35 m (hasta 45 m) de
altura, con un diámetro a la altura del pecho de hasta
1.7 m. Se han encontrado individuos de más 60 m de
altura.
Copa / Hojas. Copa grande, redondeada, robusta y
extendida o copa achatada. Hojas alternas,
paripinnadas o imparipinnadas, de 15 a 50 cm,
incluyendo el pecíolo, compuestas por 10 a 22 folíolos
opuestos o alternos, de 4.5 a 14 cm de largo por 2 a 4.5
cm de ancho, lanceolados u oblongos.
Tronco / Ramas. Tronco recto, robusto, formando a
veces pequeños contrafuertes poco prominentes (1 m
de alto). Ramas ascendentes o arqueadas y gruesas.
Corteza Externa ampliamente fisurada con las costillas
escamosas, pardo grisácea a moreno rojiza. Interna
rosada cambiando a pardo amarillenta, fibrosa y
amarga. Grosor total: 20 mm.
Flor(es). En panículas terminales largas y sueltas, de
15 a 30 cm de largo; muchas flores angostas
aparentemente tubulares pero con 5 pétalos,
suavemente perfumadas, actinomórficas; cáliz en forma
de copa, corola crema verdosa.
Fruto(s). En infrutescencias hasta de 30 cm de largo,
péndulas. Cápsulas leñosas dehiscentes (parecidas