La manzanilla es una hierba perenne. Presenta hojas sésiles, alternas, bisexuales o tripinnatilobuladas, finalmente divididas, con los folíolos lineares. En posición terminal presenta en verano una inflorescencia en forma de capítulo paniculado. Los capullos terminales, solitarios, que se elevan de 20 a 30 cm por encima del suelo, constan de prominentes flores amarillas en forma de disco y flores radiales blancas. Las flores radiales son alrededor de 20, con la lígula blanca, mientras que los del disco son numerosos, hermafroditas, con la corola amarilla, las puntas de las anteras ovadas y el extremo del estilo trunco. La cabeza floral no supera 1 cm de diámetro. Los frutos son aquenios cilíndricos, de alrededor de 1 mm de diámetro, algo mayores los radiales. La polinización la realizan himenópteros, pero la planta es capaz de auto polinizarse.¹³​

La época de floración en el hemisferio norte es durante junio y julio, y su fragancia es dulce, afrutada y herbácea.¹⁴​ Aunque la planta se confunde a menudo con la manzanilla alemana (M. chamomilla), su morfología, propiedades y composición química son diferentes.